Desarrollo del Anteproyecto Arquitectónico de la Clínica a cargo de la Arq. Ana Claudia Bella y el Ing. Eber Rodríguez, ambos profesionales brasileños.

En ceremonia realizada el 30 de mayo de 1999, el Ex Premier de Japón Sr. Toshiki Kaifu y el Presidente de la Comisión Conmemorativa del Centenario del Japón Sr. Kazuo Haruna, participaron en la colocación de la primera piedra de la Clínica Centenario Peruano Japonesa.

Desarrollo del Proyecto integral de la Clínica e inicio de construcción de la primera etapa a cargo de la Constructora Moromizato S.A.C.

Culminación de la construcción de la primera etapa de la Clínica consistente en dos sótanos y el primer piso.

Inicio de la construcción de la segunda etapa de la Clínica a cargo de la empresa Fujita Gumi S.A.C.

Culminación de la construcción de la segunda etapa que va del segundo al noveno piso.

El 20 de febrero de 2004 se inaugura el edificio de la Clínica Centenario Peruano Japonesa.

El 22 de diciembre de 2005, en ceremonia pública, se abren de manera oficial las puertas de la Clínica Centenario Peruano Japonesa.

Remodelación del Piso 6 para la implementación de 10 nuevos consultorios para atender  a la creciente demanda ambulatoria.

Se coloca la primera piedra para el inicio de la tercera etapa del piso 10 al 14 de la Clínica.

Se concluyen las obras y en Junio se inaugura la tercera etapa con la presencia del Presidente de la República del Perú, Dr. Alan García Pérez.

Se amplía los servicios de Medicina Física y Terapia de Rehabilitación con equipos de última tecnología. Asimismo, se remodelan y amplían los servicios de emergencia Adultos y Pediátrico. Se implementa la Unidad de Cuidados Intensivos e intermedios Neonatales.

Se inaugura en beneficio de las colaboradoras de la clínica un Lactario, con la participación de la Ministra de la Mujer y Promoción Social Lic. Ana Jara Velásquez.

Inauguración del nuevo Centro de Imágenes, con la participación del alcalde de Pueblo Libre Sr. Jhonel Jorge Leguía Jamis

Se implementa en el piso 13 de la Clínica el área de quimioterapia, con una cámara de flujo laminar y sillones eléctricos. Cuenta además con una nueva área de preparación de medicación a cargo de personal especializado para atender pacientes que requieren este servicio oncológico.

Se implementó las teleconsultas para diversas especialidades, con el fin de brindar una nueva modalidad en la atención de consultas médicas.

Remodelación del ambiente de UCI de Neonatología y adquisición de nuevo equipamiento que fue posible gracias al apoyo otorgado por la Agencia de Cooperación Internacional del Japón (JICA) .

Remodelación y acondicionamiento de la infraestructura del Servicio de Hemodinamia, que se concretó gracias al apoyo económico de la Agencia de Cooperación Internacional del Japón (JICA). se adquirió el cineangiógrafo biplanar más moderno de su tipo: Philips Azurion 7 B20/12 LCN, lo que convirtió a la Clínica Centenario Peruano Japonesa en la primera en contar con un equipo de estas características a nivel nacional, y la segunda a nivel de Sudamérica. Asimismo, se adquirió un ecógrafo portátil nuevo y se remodeló y amplió el ambiente del área de Hemodinamia para poder albergar las nuevas herramientas.

Reinauguración del área de Reprocesamiento de Gastroenterología, que también se dio gracias al apoyo económico de la Agencia de Cooperación Internacional del Japón (JICA) el cual comprendió la remodelación de la zona de reprocesamiento (lavado, enjuague y secado de equipos de endoscopía) y la adquisición de equipamiento del área: lavadoras de endoscopios y pistolas de lavado. Asimismo, se adquirió un sistema endoscópico (torre de gastroenterología) marca FUJIFILM.

El 21 de diciembre de 2023 se inaugura el proyecto de transformación digital “Integración digital de dispositivos médicos a la historia clínica electrónica en la Unidad de Cuidados Intensivos”.

El proyecto, subvencionado por la Agencia de Cooperación Internacional del Japón (JICA) en el marco del "Programa de Otorgamiento de Subvención para las Organizaciones de Inmigrantes", forma parte de un proceso de transformación digital que inició la institución en el 2016.

Gracias al apoyo de JICA, la clínica ahora cuenta con ocho monitores multiparámetros y una central de monitoreo que integra los datos recibidos de las 8 camas UCI, lo que permite verificar los signos vitales de todos los pacientes de la unidad desde un solo lugar y el software para integrarlos con la historia clínica de forma electrónica.

Este proyecto permite así reducir los errores humanos en la transferencia de datos y dar una atención de enfermería más humanizada. El monitoreo remoto de los pacientes y la información obtenida, que puede ser compartida con otros profesionales de forma más eficiente, facilita la coordinación de la atención y la mejora de los resultados.

El seguimiento hemodinámico no invasivo reduce el riesgo que traen los dispositivos intrusivos, por lo que optimiza además el tratamiento de pacientes críticos. Asimismo, la digitalización favorece la reducción en el uso del papel, con lo que el proyecto contribuye a la sostenibilidad de los procesos de la institución.